Сюжет
Эдвард и Альфонс Элрики — братья, живущие в деревне Ризенбург (Resembool) в стране Аместрис (アメストリス Amesutorisu?). Их отец, Хоэнхайм, ушёл из дома, когда Эдвард и Альфонс были ещё совсем детьми. Спустя годы, их мать, Триша Элрик, умирает от неизлечимой болезни. После смерти матери Эдвард решает вернуть её с помощью алхимии — передовой науки, суть которой заключается в том, что один объект может быть преобразован во что-то совершенно другое, но в точности равноценное первоначальному предмету. Для этого они изучают тайные формулы своего отца, посвященные Человеческому преобразованию, запретному искусству, с помощью которого теоретически можно даже возродить умершего человека. Однако, эта попытка провалилась, приведя к потере левой ноги Эдварда, Альфонс же потерял свое тело полностью. В отчаянной попытке спасти брата, Эдвард жертвует своей правой рукой, чтобы прикрепить душу Альфонса к рыцарским доспехам. После этого Эдвард получает вместо левой ноги и правой руки пару автопротезов (или автоброни) - современных искусственных конечностей, созданных близкими друзьями семьи Уинри Рокбэлл и её бабушкой Пинако.

Эдвард решает стать Государственным Алхимиком (国家錬金術師 Kokka Renkinjutsushi?), то есть алхимиком, который работает на Армию Аместриса. Государственных Алхимиков отличают по их серебряным карманным часам и уникальным званиям, присваиваемым после вступления в должность. Это звание позволяет Эдварду использовать обширные ресурсы, чтобы найти способ вернуть потерянное братьями, но также превращает его в «оружие» армии («цепного пса»армии). Очень многие люди, которые встречаются братьям в пути недружелюбно относятся к ним именно из-за звания, которое носит Эдвард. Люди ненавидят армию, а особенно Государственных Алхимиков, так как они виновны в уничтожении почти всего населения Ишвара в последней Гражданской войне.

Со временем братья узнают о Философском камне, по легенде позволяющем владельцу полностью обойти Закон Эквивалентного Обмена, и отправляются на его поиски, чтобы с его помощью восстановить свои тела. В конце концов Элрики узнают, что для создания Философского Камня требуются жизни людей. Они также встречают тех, кто тоже ищет Камень, делая все возможное (в том числе убивая ни в чём не повинных заключённых), чтобы камень попал в их руки. На братьев нападают Гомункулы - группа человекоподобных созданий, которые несут в себе части Философского Камня, позволяющие им исцеляться от практически любого нанесенного урона. Они названы в соответствии с семью смертными грехами и выступают в качестве главных злодеев в аниме. Гомункулы уязвимы когда они находятся рядом с костями своего прототипа.

В манге человек, называемый Гомункулами «Отец» — создатель всех Гомункулов. Он управляет ими из тени Главнокомандующего страны Аместрис. Изначально он был небольшим шариком теней в колбе с надписью «гомункул», созданный с кровью Хоэнхайма. Он подстрекает короля на выполнение Человеческого Преобразования, что приводит к уничтожению страны Ксерксес(Xerxes). Как дар за помощь ему Отец сделал Хоэнхайма бессмертным, возродя его тело с помощью половины населения Ксерксеса; другую половину он использовал для создания тела для себя в подобие Хоэнхайма. Есть подозрение что Отец планирует использовать Ишвар как гигантский преобразовательный круг для создания Философского Камня, но гомункул Зависть намекает, что это ещё не вся правда.

Термины
Автоброня (Автопротез) — (англ. automail) металлический протез, напрямую связанный с нервами. Хорошая автоброня даёт возможность совершать многое из того, на что была способна утраченная часть тела. Автоброня Эдварда, например, достаточно надёжна, чтобы использовать её в уличных драках, схватках насмерть и просто повседневной жизни. Тем не менее, даже с автоброней Эдвард использует левую, человеческую руку для письма. Это только по одной причине: на то, чтобы привыкнуть к новой конечности уходит большое количество времени. Реабилитация может занимать годы. Но Эдвард сумел сделать это за один год и именно тогда он научился писать левой рукой. В редких случаях автоброня способна заменять большие части тела, потерянные в несчастных случаях. Автоброня работает от электричества, вырабатываемого нервной системой. Детям с возрастом нужно менять автоброню на другую большего размера.

Алхимия — Полноправная наука в мире братьев Элриков, применяемая во многих областях жизни, алхимия в FMA подразумевает трёхэтапный процесс, проводимый при помощи круга преобразования. Первый шаг — понимание структуры вещества, второй — декомпозиция, третий — реконструкция.

Врата Алхимии, Врата истины — посредник источников энергии для алхимических преобразований. Помимо прочего, Врата управляют жизнью, смертью и являются границей между двумя мирами, миром FMA и нашим миром, в котором идёт Первая мировая война. Посетивший Врата постигает многое из того, о чём когда-либо догадывались во всем мирах Вселенной, в частности — способ совершать трансмутацию без кругов преобразований (см. ниже). За это ему обычно многое приходится и отдать.

Гомункул (homunculus) — появляются при неудачной попытке алхимика воскресить умершего в виде искалеченного существа. Обладают разумом, но не имеют души. Имеют печать уробороса на одной из частей тела. Для того, чтобы принять человеческий облик, должны употреблять незавершенный философский камень (красный камень). Это даёт им физическую неуязвимость. Гомункулы могут мыслить, чувствовать, разговаривать, и неотличимы в этом от обычных людей. При этом они не стареют, обладают сверхчеловеческими способностями (перевоплощение, неуязвимость), но не способны использовать алхимию. (Исключение — Гомункул Гнев). Если алхимик, создающий гомункула, испытывал к умершему сильные чувства, то частицы воспоминаний человека, которого пытались воскресить, словно впечатываются в мозг гомункула. Ярким примером является гомункул Похоть (Ласт). Слабеют, оказавшись рядом с останками человека, которого хотел воскресить алхимик, создавший данного гомункула, и становятся уязвимы.

Круг преобразования — фигура, определяющая сущность проводимого процесса преобразования. Круг определяет циркуляцию энергии в трансформируемом объекте. Внешний вид кругов преобразования сильно зависит от цели их применения и варьируется от самых простых до довольно запутанных. Круги могут быть начерчены на цели преобразования, рядом с ней, на одежде алхимика, или даже вытатуированы на его коже.

Печать кровью — вид круга преобразования, связывающий душу с неодушевлённым предметом, нарисованный кровью. Если просто стереть эту печать или сломать её, то душа покидает этот предмет.

Преобразование, Трансмутация — процесс, в результате которого вещество и детали объекта изменяют свои характеристики, но ВСЕГДА сохраняя количество и свойства вещества. Во время этого процесса потребляется энергия мёртвых душ другого мира. В манге же указано, что алхимики потребляют для преобразования энергию тектонических сдвигов.

Равноценный обмен — правило, которое считается основополагающим в алхимии: чтобы получить что-либо, нечто равнозначное надо отдать. Это отдалённо напоминает закон сохранения материи, впервые сформулированный Антуаном Лавуазье в 1785. Этот закон оспаривается главными персонажами сериала.

Философский камень — артефакт, позволяющий, по слухам, совершать преобразования в обход принципа равноценного обмена. Для получения его из незавершённого камня могут потребоваться челоческие жертвоприношения. Может иметь любую форму и размер, растрачиваясь от совершённой человеческой алхимии.

Незавершённый философский камень — недоработанный или испорченный экземпляр философского камня, зачастую называемый красным камнем. Будучи намного более слабым, чем философский, красный камень всё же может многократно усиливать алхимическое воздействие. Единственная сложность в том, что испорченные образцы могут легко выходить из строя, и создавать эффект "отдачи". Для создания камня необходимо вещество, называемое красной жидкостью или красной водой. Ядовитые свойства этой субстанции компенсируются усиливающим воздействием, оказываемым ею на алхимические реакции. Для его получения часто требуются человеческие жертвоприношения. Фигурирует лишь в аниме.

Отдача - эффект, наглядным свидетельством которого являются Эд с Алом: когда алхимик пытается совершить преобразование, для которого ему не хватает исходного материала - короче, когда он пытается взять больше, чем отдает, - недостача восполняется за счёт тела самого алхимика. Пытаясь воскресить свою маму, братья Элрики не учли, что человек - не просто сумма составляющих его тело химических веществ, и поплатились за это. Эффект "отдачи" испытал на себе и Корнелло, когда энергия незавершенного философского камня в его перстне иссякла.